Advance

ISHIKAWA Fumihiro

    Department of Pharmacy　Associate Professor
Last Updated :2024/04/25

Researcher Information

URL

Research funding number

  • 50631553

J-Global ID

Research Interests

  • ケミカルバイオロジー   タンパク質化学   生物有機化学   生合成   天然物化学   有機合成化学   

Research Areas

  • Nanotechnology/Materials / Molecular biochemistry
  • Nanotechnology/Materials / Biochemistry
  • Nanotechnology/Materials / Chemical biology

Academic & Professional Experience

  • 2023/04 - Today  近畿大学 薬学部 准教授 (現職)
  • 2022/04 - Today  同志社大学 嘱託講師 (兼任)
  • 2017/04 - 2023/03  Kindai UniversityFaculty of Pharmacy講師
  • 2016/04 - 2017/03  京都大学大学院薬学研究科助教 (特定) (掛谷秀昭教授)
  • 2011/12 - 2016/03  京都大学学際融合教育研究推進センター生理化学研究ユニット助教 (特定) (掛谷秀昭教授)
  • 2010/04 - 2011/11  University of California, San Diego生物化学科博士研究員 (Prof. Michael D. Burkart)
  • 2009/04 - 2010/03  Osaka Prefecture UniversityGraduate School of Science博士研究員 (藤井郁雄教授)

Education

  • 2006/04 - 2009/03  Osaka Prefecture University  Graduate School of Science  Department of Biological Science
  • 2004/04 - 2006/03  Osaka Prefecture University  農学研究科  応用生命化学専攻 (藤井郁雄教授)
  • 2000/04 - 2004/03  Meijo University  Faculty of Pharmacy  Department of Health-Care Pharmacy

Association Memberships

  • 医薬化学部会   The Japanese Peptide Society   生命化学研究会   PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN   生体機能関連化学部会   JAPANESE SOCIETY FOR CHEMICAL BIOLOGY   THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN   THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN   

Published Papers

  • Development of a chemical scaffold for inhibiting nonribosomal peptide synthetases in live bacterial cells
    Fumihiro Ishikawa*; Sho Konno; Hideaki Kakeya; Genzoh Tanabe*
    Beilstein J. Org. Chem. Thematic Issue “Young investigators in natural products chemistry, biosynthesis, and enzymology” 2024 [Refereed]
  • Katsuki Takashima; Shinya Nakamura; Maiko Nagayama; Shinsuke Marumoto; Fumihiro Ishikawa; Weijia Xie; Isao Nakanishi; Osamu Muraoka; Toshio Morikawa; Genzoh Tanabe
    RSC Advances Royal Society of Chemistry (RSC) 14 (7) 4471 - 4481 2024 [Refereed]
     
    In contrast to previous SAR studies of aza-compounds (23vs.24 and 25), the present study using analogues (26a–26c, 27c, and 28a–28c) of salacinol (1) revealed an essential role of the thiosugar ring in effectively inhibiting α-glucosidase.
  • Protein degradation in bacteria: Focus on the ClpP protease
    Fumihiro Isihkawa; Michio Homma*; Genzoh Tanabe; Takayuki Uchihashi
    Nihon Saikingaku Zasshi 79 (1) 1 - 13 2024 [Refereed]
  • Katsuki Takashima; Akane Asai; Mina Ashidate; Riko Suzuki; Shinsuke Marumoto; Fumihiro Ishikawa; Toshio Morikawa; Genzoh Tanabe
    Journal of Natural Products American Chemical Society (ACS) 86 (12) 2672 - 2684 0163-3864 2023/11 [Refereed]
  • Recent progress in the reprogramming of nonribosomal peptide synthetases
    Fumihiro Ishikawa*; Shinya Nakamura; Isao Nakanishi; Genzoh Tanabe*
    J. Pept. Sci. DOI: 10.1002/psc.3545 Thematic Issue “Peptide Talents in 2023” 2023/08 [Refereed]
  • Fumihiro Ishikawa; Natsumi Tsukumo; Erika Morishita; Shumpei Asamizu; Saaya Kusuhara; Shinsuke Marumoto; Katsuki Takashima; Hiroyasu Onaka; Genzoh Tanabe
    Chemical communications (Cambridge, England) 59 (62) 9473 - 9476 2023/07 [Refereed]
     
    We describe activity-based protein profiling for analyzing the adenylation domains of non-ribosomal peptide synthetases (ABPP-NRPS) in bacterial proteomes. Using a range of non-proteoinogenic amino acid sulfamoyladenosines, the competitive format of ABPP-NRPS provided substrate tolerance toward non-proteinogenic amino acids. When coupled with precursor-directed biosynthesis, a non-proteinogenic amino acid (O-allyl-L-serine) was successfully incorporated into gramicidin S.
  • Chemical Labeling of Protein 4'-Phosphopantetheinylation in Surfactin-Producing Nonribosomal Peptide Synthetases
    Fumihiro Ishikawa*; Genzoh Tanabe*
    Methods Mol. Biol. 2670 285 - 299 2023/05
  • Chemoproteomic Profiling of Adenylation Domain Functions in Gramicidin S-Producing Non-ribosomal Peptide Synthetases
    Fumihiro Ishikawa*; Genzoh Tanabe*
    Methods Mol. Biol. 2670 69 - 100 2023/05
  • Fumihiro Ishikawa; Sho Konno; Yuko Uchiyama; Hideaki Kakeya; Genzoh Tanabe
    Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences 378 (1871) 20220026 - 20220026 2023/02 [Refereed]
     
    Non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs) biosynthesize many pharmaceuticals and virulence factors. The biosynthesis of these natural peptide products from biosynthetic gene clusters depends on complex regulations in bacteria. However, our current knowledge of NRPSs is based on enzymological studies using full NRPS systems and/or a single NRPS domain in heterologous hosts. Chemical and/or biochemical strategies to capture the endogenous activities of NRPSs facilitate studies on NRPS cell biology in bacterial cells. Here, we describe a chemical scaffold for the rapid and selective photoaffinity labelling of NRPSs in purified systems, crude biological samples and living bacterial cells. We synthesized photoaffinity labelling probes coupled with 5'-O-N-(phenylalanyl)sulfamoyladenosine with clickable alkyl diazirine or trifluoromethyl phenyl diazirine. We found that a trifluoromethyl phenyl diazirine-based probe cross-linked the Phe-activating domain of a GrsA-NRPS with high selectivity and sensitivity at shorter ultraviolet (UV) irradiation times (less than 5 min) relative to a prototypical benzophenone-based probe. Our results demonstrated that this quick labelling protocol can prevent damage to proteins and cells caused by long UV irradiation times, providing a mild photoaffinity labelling method for biological samples. This article is part of the theme issue 'Reactivity and mechanism in chemical and synthetic biology'.
  • Katsuki Takashima; Miyu Teramachi; Shinsuke Marumoto; Fumihiro Ishikawa; Yoshiak iManse; Toshio Morikawa; Genzoh Tanabe
    Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters Elsevier BV 78 129034 - 129034 0960-894X 2022/10 [Refereed]
  • Activity-based protein profiling of a surfactin-producing nonribosomal peptide synthetase in Bacillus subtilis
    Fumihiro Ishikawa*; Rina Ohnishi; Chiharu Uchida; Genzoh Tanabe*
    STAR Protoc. DOI: 10.1016/j.xpro.2022.101462 2022/05 [Refereed]
  • Developing crosslinkers specific for epimerization domain in initiation modules to evaluate mechanism
    Woojoo E. Kim; Fumihiro Ishikawa*; Rebecca N. Re; Takehiro Suzuki; Naoshi Dohmae; Hideaki Kakeya; Genzoh Tanabe*; Michael D. Burkart*
    RSC Chem. Biol. DOI: 10.1039/d2cb00005a 2022/01 [Refereed]
  • Fumihiro Ishikawa; Sho Konno; Katsuki Takashima; Hideaki Kakeya; Genzoh Tanabe
    Organic & biomolecular chemistry 19 (41) 8906 - 8911 2021/10 [Refereed]
     
    A major challenge in fluorescence imaging experiments, which are essential to determine protein activity, expression, and localization, is the penetration of small-molecule probes through the outer membrane permeability barrier of bacteria. Here, we describe a novel strategy for small-molecule probe-based fluorescence protein labeling and imaging in the Gram-negative bacterium Escherichia coli. We targeted a siderophore enterobactin biosynthetic enzyme EntE in E. coli. When coupled with an efflux pump inhibitor carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone, small-molecule probes were able to efficiently enter the cells, leading to the fluorescence labeling and imaging of overproduced EntE in E. coli. This study demonstrates that the combination of small-molecule probes with appropriate efflux pump inhibitors may substantially enhance their interaction with the target proteins in live bacteria.
  • Fumihiro Ishikawa; Sho Konno; Chiharu Uchida; Takehiro Suzuki; Katsuki Takashima; Naoshi Dohmae; Hideaki Kakeya; Genzoh Tanabe
    Cell chemical biology 2021/06 [Refereed]
     
    Much of our current knowledge on nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) is based on studies in which the full NRPS system or each protein domain is expressed in heterologous hosts. Consequently, methods to detect the endogenous activity of NRPSs, under natural cellular conditions, are needed for the study of NRPS cell biology. Here, we describe the in vivo activity-based protein profiling (ABPP) for endogenous NRPSs and its applications to the study of their activities in bacteria. Remarkably, in vitro and in vivo ABPP in the context of the surfactin producer Bacillus subtilis enabled the visualization, tracking, and imaging of an endogenous SrfAB-NRPS with remarkable selectivity and sensitivity. Furthermore, in vivo, ABPP allowed the discovery of the degradation processes of the endogenous SrfAB-NRPS in the context of its native producer bacteria. Overall, this study deepens our understanding of the properties of NRPSs that cannot be addressed by conventional methods.
  • Mutational biosynthesis of hitachimycin analogs controlled by the β-amino acid–selective adenylation enzyme HitB
    Fumitaka Kudo; Sotaro Takahashi; Akimasa Miyanaga; Yuichiro Nakazawa; Kota Nishino; Yuki Hayakawa; Koichi Kawamura; Fumihiro Ishikawa; Genzoh Tanabe; Naeko Iwai; Yoko Nagumo; Takeo Usui; Tadashi Eguchi*
    ACS Chem. Biol. 2021 [Refereed]
  • Ligand compatibility of salacinol-type α-glucosidase inhibitors toward the GH31 family
    Fumihiro Ishikawa, Aiko Hirano, Yuuto Yoshimori, Kana Nishida, Shinya Nakamura, Katsuki Takashima, Shinsuke Marumoto, Kiyofumi Ninomiya, Isao Nakanishi, Weijia Xie, Toshio Morikawa, Osamu Muraoka, Genzoh Tanabe*
    RSC Adv. 2021, 11, 3221-3225 2021 [Refereed]
  • Elongation of the side chain by linear alkyl groups increases the potency of salacinol, a potent α-glucosidase inhibitor from the Ayurvedic traditional medicine "Salacia," against human intestinal maltase
    Katsuki Takashima; Mika Sakano; Eri Kinouchi; Shinya Nakamura; Shinsuke Marumoto; Fumihiro Ishikawa; Kiyofumi Ninomiya; Isao Nakanishi; Toshio Morikawa; Genzoh Tanabe
    Bioorg. Med. Chem. Lett. 2021 [Refereed]
  • Activity, binding, and modeling studies of a reprogrammed aryl acid adenylation domain with an enlarged substrate binding pocket
    Fumihiro Ishikawa,* Hinano Kitayama, Shinya Nakamura, Katsuki Takashima, Isao Nakanishi, Genzoh Tanabe*
    Chem. Pharm. Bull. 2021 [Refereed]
  • スルフィドのジアステレオ選択的分子内環化反応を利用したアーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤neokotalanolの全合成
    高島 克輝; 小林 祐喜; 石川 文洋; 丸本 真輔; 田邉 元三
    第62回天然有機化合物討論会講演要旨集 601 - 606 2020/09 [Refereed]
  • Ryosuke Satoh, Naoya Hamada, Ami Yamada, Yuki Kanda, Fumihiro Ishikawa, Teruaki Takasaki, Genzoh Tanabe,* Reiko Sugiura*
    Bioorg. Chem. 103 104137 - 104137 2020/07 [Refereed]
     
    The recent discovery that an ERK signaling modulator [ACA-28 (2a)] preferentially kills human melanoma cell lines by inducing ERK-dependent apoptosis has generated significant interest in the field of anti-cancer therapy. In the first SAR study on 2a, here, we successfully developed candidates (2b, 2c) both of which induce more potent and selective apoptosis towards ERK-active melanoma cells than 2a, thus revealing the structural basis for inducing the ERK-dependent apoptosis and proposing the therapeutic prospect of these candidates against ERK-dependent cancers represented by melanoma.
  • Probing the compatibility of an enzyme-linked immunosorbent assay toward the reprogramming of nonribosomal peptide synthetase adenylation domains
    Fumihiro Ishikawa,* Maya Nohara, Katsuki Takashima, Genzoh Tanabe*
    ChemBioChem 21 3056 - 3061 2020/06 [Refereed]
  • Precise Probing of Residue Roles by NRPS Code Swapping: Mutation, Enzymatic Characterization, Modeling, and Substrate Promiscuity of Aryl Acid Adenylation Domains
    Fumihiro Ishikawa,* Maya Nohara, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Genzoh Tanabe*
    Biochemistry DOI: 10.1021/acs.biochem.9b00748 2020/01 [Refereed]
  • アデニル化酵素の基質結合部位の拡張および構造的基盤
    石川 文洋; 宮永 顕正; 北山 陽菜乃; 工藤 史貴; 江口 正; 田邉 元三
    第61回天然有機化合物討論会講演要旨集 625 - 629 2019/09 [Refereed]
  • Chemical strategies for visualizing and analyzing endogenous nonribosomal peptide synthetase (NRPS) megasynthetases
    Fumihiro Ishikawa,* Genzoh Tanabe*
    ChemBioChem DOI: 10.1002/cbic.201900186 2019/05 [Refereed][Invited]
  • Ishikawa F; Miyanaga A; Kitayama H; Nakamura S; Nakanishi I; Kudo F; Eguchi T; Tanabe G
    Angewandte Chemie (International ed. in English) 58 (21) 6906 - 6910 1433-7851 2019/04 [Refereed]
     
    Adenylation (A) domains act as the gatekeepers of non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs), ensuring the activation and thioesterification of the correct amino acid/aryl acid building blocks. Aryl acid building blocks are most commonly observed in iron-chelating siderophores, but are not limited to them. Very little is known about the reprogramming of aryl acid A-domains. We show that a single asparagine-to-glycine mutation in an aryl acid A-domain leads to an enzyme that tolerates a wide range of non-native aryl acids. The engineered catalyst is capable of activating non-native aryl acids functionalized with nitro, cyano, bromo, and iodo groups, even though no enzymatic activity of wild-type enzyme was observed toward these substrates. Co-crystal structures with non-hydrolysable aryl-AMP analogues revealed the origins of this expansion of substrate promiscuity, highlighting an enlargement of the substrate binding pocket of the enzyme. Our findings may be exploited to produce diversified aryl acid containing natural products and serve as a template for further directed evolution in combinatorial biosynthesis.
  • Facile Synthesis of Neokotalanol, a Potent α‑glycosidase Inhibitor Isolated from the Ayurvedic Traditional Medicine “Salacia”
    Genzoh Tanabe,* Satoshi Ueda, Kazuho Kurimoto, Naoki Sonoda, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Weijia Xie, Osamu Muraoka
    ACS Omega 4 7533 - 7542 2019/04 [Refereed]
  • Synthesis of salacinol-d4 as an internal standard for mass-spectrometric quantitation of salacinol, a potent α-glucosidase inhibitor found in a traditional ayurvedic medicine “Salacia”
    Genzoh Tanabe,* Sanami Teramae, Yousuke Kunikata, Shuhei Okugawa, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Weija Xie, Toshio Morikawa, Osamu Muraoka
    Heterocycles 2018/09 [Refereed]
  • Expanding the Scope of Functionalized Small Nonprotein Components for Holoabzyme 27C1
    Fumihiro Ishikawa, Masato Shirahashi, Hiroshi Hayakawa, Genzoh Tanabe, Takeshi Tsumuraya, Ikuo Fujii*
    ChemistrySelect 3 9313 - 9317 2018/08 [Refereed]
  • Akimasa Miyanaga; Risako Ouchi; Fumihiro Ishikawa; Ena Goto; Genzoh Tanabe; Fumitaka Kudo; Tadashi Eguchi
    Journal of the American Chemical Society American Chemical Society 140 (25) 7970 - 7978 1520-5126 2018/06 [Refereed]
     
    Acyltransferases (ATs) are responsible for the selection and incorporation of acyl building blocks in the biosynthesis of various polyketide natural products. The trans-AT modular polyketide synthases have a discrete trans-acting AT for the loading of an acyl unit onto the acyl carrier protein (ACP) located within each module. Despite the importance of protein-protein interactions between ATs and ACPs in trans-AT assembly lines, the dynamic actions of ACPs and trans-acting ATs remain largely uncharacterized because of the inherently transient nature of ACP-enzyme interactions. Herein, we report the crystal structure of the AT-ACP complex of disorazole trans-AT polyketide synthase. We used a bromoacetamide pantetheine cross-linking probe in combination with a Cys mutation to trap the transient AT-ACP complex, allowing the determination of the crystal structure of the disorazole AT-ACP complex at 2.03 Å resolution. On the basis of the cross-linked AT-ACP complex structure, ACP residues recognized by trans-acting AT were identified and validated by mutational studies, which demonstrated that the disorazole AT recognizes the loop 1 and helix III′ residues of disorazole ACP. The disorazole AT-ACP complex structure presents a foundation for defining the dynamic processes associated with trans-acting ATs and provides detailed mechanistic insights into their ability to recognize ACPs.
  • Activity-based protein profiling of non-ribosomal peptide synthetases
    Fumihiro Ishikawa,* Genzoh Tanabe, Hideaki Kakeya*
    Curr. Top. Microbiol. Immunol. DOI: 10.1007/82_2018_133 2018 [Refereed][Invited]
  • Genzoh Tanabe,* Yoshiaki Manse, Teppei Ogawa, Naoki Sonoda, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Kiyofumi Ninomiya, Saowanee Chaipech, Yutana Pongpiriyadacha, Osamu Muraoka, Toshio Morikawa*
    Journal of Organic Chemistry 83 (15) 8250 - 8264 2018 [Refereed]
  • Diastereoselective synthesis of salacinol-type α-glucosidase inhibitors
    Fumihiro Ishikawa, Kazumi Jinno, Naoki Sonoda, Eri Kinouchi, Kiyofumi Ninomiya, Shinsuke Marumoto, Weijia Xie, Osamu Muraoka, Toshio Morikawa, Genzoh Tanabe*
    J. Org. Chem. 83 185 - 193 2017/12 [Refereed]
  • Fumihiro Ishikawa* Shota Kasai, Hideaki Kakeya, Genzoh Tanabe*
    CHEMBIOCHEM WILEY-V C H VERLAG GMBH 18 (22) 2199 - 2204 1439-4227 2017/11 [Refereed]
     
    Structural and activity studies have revealed the dynamic and transient actions of carrier protein (CP) activity in primary and secondary metabolic pathways. CP-mediated interactions play a central role in nonribosomal peptide biosynthesis, as they serve as covalent tethers for amino acid and aryl acid substrates and enable the growth of peptide intermediates. Strategies are therefore required to study protein-protein interactions efficiently. Herein, we describe activity-based probes used to demonstrate the protein-protein interactions between aryl CP (ArCP) and aryl acid adenylation (A) domains as well as the substrate specificities of the aryl acid Adomains. If coupled with in-gel fluorescence imaging, this strategy allows visualization of the protein-protein interactions required to recognize and transfer the substrate to the partner ArCP. This technique has potential for the analysis of protein-protein interactions within these biosynthetic enzymes at the molecular level and for use in the combinatorial biosynthesis of new nonribosomal peptides.
  • Sho Konno, Fumihiro Ishikawa,* Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya, Genzoh Tanabe*
    CHEMBIOCHEM WILEY-V C H VERLAG GMBH 18 (18) 1855 - 1862 1439-4227 2017/09 [Refereed]
     
    Phosphopantetheinylation is an essential post-translational protein modification to primary and secondary metabolic pathways that ensures bacterial cell viability and virulence, and it is used in the production of many pharmaceuticals. Traditional methods have not provided a comprehensive understanding of these modifications. By using chemical proteomic probes for adenylation and thiolation domains in nonribosomal peptide synthetases (NRPSs), chemoproteomics has been applied to survey and validate the cellular activity of 4-[3-chloro-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-N-(4-methoxypyridin-2-yl)piperazine-1-carbothioamide (ML267), which is a potent and selective small-molecule 4-phosphopantetheinyl transferase (PPTase) inhibitor that attenuates secondary metabolism and viability of bacterial cells. ML267 inhibited Sfp-type PPTase and antagonized phosphopantetheinylation in cells, which resulted in a decrease in phosphopantetheinylated NRPSs and the attenuation of Sfp-PPTase-dependent metabolite production. These results indicate that this chemoproteomics platform should enable a precise interpretation of the cellular activities of Sfp-type PPTase inhibitors.
  • アーユルベーダ天然薬物 ”サラシア” 由来スルホニウム塩類のジアステレオ選択的合成及びin vivo α-グルコシダーゼ阻害活性評価
    石川 文洋; 神農 佳澄; 薗田 直樹; 木内 恵里; 赤木 淳二; 二宮 清文; 村岡 修; 吉川 雅之; 森川 敏生; 田邉 元三
    第59回天然有機化合物討論会講演要旨集 363 - 368 2017/08 [Refereed]
  • Genzoh Tanabe,* Nozomi Tsutsui, Kanae Shibatani, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Kiyofumi Ninomiya, Osamu Muraoka, Toshio Morikawa*
    TETRAHEDRON PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD 73 (30) 4481 - 4486 0040-4020 2017/07 [Refereed]
     
    The first total syntheses of the geranylated pyranocoumarins, mameasins C (1) and D (2), aromatase inhibitors isolated from the flowers of Mammea siamensis, were accomplished in five steps, starting from phloroglucinol 3. In this strategy, the characteristic pyran ring-fused coumarin core of 1 and 2 was effectively constructed by Friedel-Crafts acylation of 3, followed by Reformatsky reaction of the resultant ketone to give a key coumarin intermediate 9. Compound 9 was converted to targets 1 and 2 in a stepwise manner by successive C-acylation and O-geranylation, followed by a [1,3]-sigmatropic geranyl shift. Furthermore, screening of intermediates obtained in the synthetic pathway to 1 and 2 revealed that de-geranylated pyranocoumarins (10 and 11) show superior aromatase inhibitory activity as compared to the natural products 1 and 2. (C) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • The chemical biology of natural product biosynthesis: chemical tools for the proteomic analysis of nonribosomal peptide synthetases
    Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    Frontiers in Nat. Prod. Chem. 3 67 - 93 2017 [Refereed][Invited]
  • Fumihiro Ishikawa,* Hiroyasu Sugimoto, Hideaki Kakeya*
    CHEMBIOCHEM WILEY-V C H VERLAG GMBH 17 (22) 2137 - 2142 1439-4227 2016/11 [Refereed]
     
    Andrimid (Adm) synthase, which belongs to the type II system of enzymes, produces Adm in Pantoea agglomerans. The adm biosynthetic gene cluster lacks canonical acyltransferases (ATs) to load the malonyl group to acyl carrier proteins (ACPs), thus suggesting that a malonyl-CoA ACP transacylase (MCAT) from the fatty acid synthase (FAS) complex provides the essential AT activity in Adm biosynthesis. Here we report that an MCAT is essential for catalysis of the transacylation of malonate from malonyl-CoA to AdmA polyketide synthase (PKS) ACP in vitro. Catalytic self-malonylation of AdmA (PKS ACP) was not observed in reactions without MCAT, although many type II PKS ACPs are capable of catalyzing self-acylation. This lack of self-malonylation was explained by amino acid sequence analysis of the AdmA PKS ACP and the type II PKS ACPs. The results show that MCAT from the organism's FAS complex can provide the missing AT activity in trans, thus suggesting a protein-protein interaction between the fatty acid and polyketide synthases in the Adm assembly line.
  • Fumihiro Ishikawa, Masato Shirahashi, Hiroshi Hayakawa, Asako Yamaguchi, Takatsugu Hirokawa, Takeshi Tsumuraya, Ikuo Fujii*
    ACS CHEMICAL BIOLOGY AMER CHEMICAL SOC 11 (10) 2803 - 2811 1554-8929 2016/10 [Refereed]
     
    Taking advantage of antibody molecules to generate tailor-made binding sites, we propose a new class of protein modifications, termed as site-directed chemical mutation. In this modification, chemically synthesized catalytic components with a variety of steric and electronic properties can be noncovalently and nongenetically incorporated into specific sites in antibody molecules to induce enzymatic activity. Two catalytic antibodies, 25E2 and 27C1, possess antigen-combining sites which bind catalytic components and act as apoproteins in catalytic reactions. By simply exchanging these components, antibodies 25E2 and 27C1 can catalyze a wide range of chemical transformations including acyl-transfer, beta-elimination, aldol, and decarboxylation reactions. Although both antibodies were generated with the same hapten, phosphonate diester 1, they showed different catalytic activity. When phenylacetic acid 4 was used as the catalytic component, 25E2 efficiently catalyzed the elimination reaction of beta-haloketone 2, whereas 27C1 showed no catalytic activity. In this work, we focused on the beta-elimination reaction and examined the site-directed chemical mutation of 27C1 to induce activity and elucidate the catalytic mechanism. Molecular models showed that the cationic guanidyl group of Arg(H52) in 27C1 makes a hydrogen bond with the P-O oxygen in the hapten. This suggested that during beta-elimination, Arg(H52) of 27C1 would form a salt bridge with the carboxylate of 4, thus destroying reactivity. Therefore, we utilized site-directed chemical mutation to change the charge properties of the catalytic components. When amine components 7-10 were used, 27C1 efficiently catalyzed the beta-elimination reaction. It is noteworthy that chemical mutation with secondary amine 8 provided extremely high activity, with a rate acceleration [(k(cat)/Km(2))/kuncat] of 1?000?000. This catalytic activity likely arises from the proximity effect, plus general-base catalysis associated the electrostatic interactions. In 27C1, the cationic guanidyl group of Arg(H52) is spatially close to the nitrogen of the amine components. In this microenvironment, the intrinsic pKa of the amine is perturbed and shifts to a lower pKa, which efficiently abstracts the alpha-proton during the reaction. This mechanism is consistent with the observed kinetic isotope effect (E2 or E1cB mechanism). Thus, site-directed chemical mutation provides a better understanding of enzyme functions and opens new avenues in biocatalyst research.
  • Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    CHEMBIOCHEM WILEY-V C H VERLAG GMBH 17 (6) 474 - 478 1439-4227 2016/03 [Refereed]
     
    We describe a proof-of-concept study of a competitive enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) system for the adenylation (A) domains of nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) with active-site-directed probes coupled to a 5-O-N-(aminoacyl)sulfamoyladenosine scaffold. A biotin functionality immobilizes the probes onto a streptavidin-coated solid support. Dissociation constants were determined with a series of ligands, including enzyme substrates and a library of sulfamoyloxy-linked aminoacyl/aryl-AMP analogues. As it enables direct readout of protein-ligand interaction, the competitive ELISA technique provided information on comparative structure- activity relationships and insights into the enzyme active-site architecture of NRPS A-domains. These studies indicate that the ELISA technique can accelerate the discovery of small-molecule inhibitors of the A-domains with new scaffolds that perturb the production of NRPS-related virulence factors.
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の選択的ラベル化技術の開発と迅速機能解析システムの構築
    石川 文洋; 今野 翔; 笠井 昭太; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    第58回天然有機化合物討論会講演要旨集 223 - 228 2016 [Refereed]
  • Shota Kasai, Fumihiro Ishikawa,* Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya*
    CHEMICAL COMMUNICATIONS ROYAL SOC CHEMISTRY 52 (98) 14129 - 14132 1359-7345 2016 [Refereed]
     
    Derivatization of a 5 '-(vinylsulfonylaminodeoxy) adenosine scaffold with a clickable functionality provided an activity-based probe that was used to label native carrier protein (CP) motifs in nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). When coupled with a fluorescent tag, this probe selectively targeted phosphopantetheinylated CPs (holo-form) from recombinant NRPS enzyme systems and in whole proteomes.
  • Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    Methods Mol. Biol. 1401 63 - 76 2016 [Refereed][Invited]
  • Fumihiro Ishikawa,* Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya*
    CHEMBIOCHEM WILEY-V C H VERLAG GMBH 16 (18) 2590 - 2594 1439-4227 2015/12 [Refereed]
     
    Genetic approaches have greatly contributed to our understanding of nonribosomal peptide biosynthetic machinery; however, proteomic investigations are limited. Here, we developed a highly sensitive detection strategy for multidomain nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) by using a multiple-labeling technique with active-site-directed probes for adenylation domains. When applied to gramicidin S-producing and -nonproducing strains of Aneurinibacillus migulanus (DSM 5759 and DSM 2895, respectively), the multiple technique sensitively detected an active multidomain NRPS (GrsB) in lysates obtained from the organisms. This functional proteomics method revealed an unknown inactive precursor (or other inactive form) of GrsB in the nonproducing strain. This method provides a new option for the direct detection, functional analysis, and high-resolution identification of low-abundance active NRPS enzymes in native proteomic environments.
  • Fumihiro Ishikawa,* Kengo Miyamoto, Sho Konno, Shota Kasai, Hideaki Kakeya*
    ACS CHEMICAL BIOLOGY AMER CHEMICAL SOC 10 (12) 2816 - 2826 1554-8929 2015/12 [Refereed]
     
    A significant, gap exists between protein engineering and enzymes used for the biosynthesis of natural, products, largely because 1;, there is a paucity of strategies:that rapidly detect. active site phenotypes the enzymes with desired activities. Herein, we describe a proof-oft : concept study of an enzyme-linked immunosorbe4-asaay (ELISA) system for the adenylation (A) domains in nonribosomal peptide synthetase (NRPSs)' using a,combination of active site-directed probes coupled a 5'-O-N-(aminoacyl)sulfamoyladenosine scaffold with a biotin functionality, that, immobilizes probe xriOlectles onto a Streptavidin-coated solid Support. The recombinant NRPSs have a C-terrinnal His tag motif that is targeted by an anti-6xHis mouse antibody as the primary antibody and a horseradish peroxidase-linked goat antimouse antibody as the secondary antibody. These probes can selectively capture the cognate A domains by ligand-directed targeting. In addition, the ELISA technique detected domains in the crude cell-free homogenates from the Escherichia,colt expression systems, When coupled with a chromogenic substrate, the antibody based ELISA technique, can :visualize probe protein binding interactions, which provides accurate readouts of the A-domain functions in NRPS enzymes. To assess the ELISA-based engineering of the A domains of NRPSs, we reprogramed 2,3-dihydroxybenxoic acid (DHB)-activating enzyme EntE toward salicylic acid (Sal) activating enzymes and investigated a correlation between binding properties for probe molecules and enzyme catalysts. We generated a mutant of EntE that displayed negligible loss in the k(cat)/K-m value with the noncognate substrate Sal and a corresponding 48 fold decrease in the k(cat)/K-m Value with the cognate substrate DHB. The resulting 26 fold switch in substrate: specificity was achieved by the replacement. of,a Ser residue in the active site of EntE :with a Cys toward the nonribosomal codes of Sal-activating enzymes: Bringing a laboratory ELISA,technique and adenylating enzymes together using a combination of active site directed probes for the A domains in NRPSs should accelerate both the functional,characterization and manipulation of the A domains in NRPSs.
  • Fumihiro Ishikawa,* Sho Konno, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hideaki Kakeya*
    ACS CHEMICAL BIOLOGY AMER CHEMICAL SOC 10 (9) 1989 - 1997 1554-8929 2015/09 [Refereed]
     
    Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) and polyketide synthases are large diverse families of biosynthetic enzymes that catalyze the synthesis of natural products that display biologically important activities. Genetic investigations have greatly contributed to our understanding of these biosynthetic enzymes; however, proteomic studies are limited. Here we describe the application of active site-directed proteomic probes for adenylation (A) domains to profile the activity of NRPSs directly in native proteomic environments. Derivatization of a 5'-O-N-(aminoacyl)sulfamoyladenosine appended clickable benzophenone functionality enabled activity-based protein profiling of the A-domains in NRPSs in proteomic extracts. These probes were used to identify natural product producing microorganisms, optimize culture conditions, and profile the activity dynamics of NRPSs. Our proteomic approach offers a simple and versatile method to monitor NRPS expression at the protein level and will facilitate the identification of orphan enzymatic pathways involved in secondary metabolite production.
  • Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    CURRENT ORGANIC CHEMISTRY BENTHAM SCIENCE PUBL LTD 19 (13) 1204 - 1221 1385-2728 2015 [Refereed][Invited]
     
    Microorganisms produce a large number of peptide-based natural products that display a broad range of biologically interesting properties, including antimicrobial, immunosuppressant, and anticancer activities, as well as behaving as virulence factors and signaling molecules. These peptide natural products are composed of proteinogenic amino acids, as well as a number of other compound classes, including non-proteinogenic amino acids, aryl acids, fatty acids, hydroxyl acids, heterocyclic rings, and sugars, which provide a complex level of chemical diversity. Many of these natural products are biosynthesized by large, highly versatile multifunctional megasynthetases, which are known as nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). The adenylation (A) domains found in all NRPS modules are essential catalytic components and function as gatekeepers to select the appropriate amino acid building blocks during nonribosomal peptide (NRP) biosynthesis. The results of extensive periods of genetic, biochemical, and bioinformatic investigations have provided a detailed understanding of the functional characteristics and molecular basis underpinning the A domain enzymology in NRP biosynthesis. This review will therefore focus on the recent discoveries and breakthroughs in the structural elucidation, molecular mechanism, and chemical biology underlying the A domains within NRPS enzymes.
  • Shota Kasai, Sho Konno, Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    CHEMICAL COMMUNICATIONS ROYAL SOC CHEMISTRY 51 (87) 15764 - 15767 1359-7345 2015 [Refereed]
     
    We describe competitive activity-based protein profiling (ABPP) to accelerate the functional prediction and assessment of adenylation (A) domains in nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) in proteomic environments. Using a library of sulfamoyloxy-linked aminoacyl-AMP analogs, the competitive ABPP technique offers a simple and rapid assay system for adenylating enzymes and provides insight into enzyme substrate candidates and enzyme active-site architecture.
  • Sho Konno, Fumihiro Ishikawa,* Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Michael D. Burkart, Hideaki Kakeya*
    CHEMICAL COMMUNICATIONS ROYAL SOC CHEMISTRY 51 (12) 2262 - 2265 1359-7345 2015 [Refereed]
     
    We describe a general strategy for selective chemical labeling of individual adenylation (A) domains in nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) using active site-directed proteomic probes coupled to the 5 '-O-N-(aminoacyl) sulfamoyladenosine (AMS) scaffold with a clickable benzophenone functionality. These proteomic tools can greatly facilitate the molecular identification, functional characterization, and profiling of virtually any kind of A domains of NRPS enzymes in complex biological systems.
  • Katsuki Fujita, Fumihiro Ishikawa, Hideaki Kakeya*
    JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS AMER CHEMICAL SOC 77 (12) 2707 - 2710 0163-3864 2014/12 [Refereed]
  • Kengo Miyamoto, Fumihiro Ishikawa, Shinya Nakamura, Yutaka Hayashi, Isao Nakanishi, Hideaki Kakeya*
    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD 22 (8) 2517 - 2528 0968-0896 2014/04 [Refereed]
     
    A putative 7-dimethylallyl tryptophan synthase (DMATS) gene from a fungal Neosartorya sp. was cloned and overexpressed as a soluble His(6)-fusion protein in Escherichia coli. The enzyme was found to catalyze the prenylation of L-tryptophan at the C7 position of the indole moiety in the presence of dimethylallyl diphosphate; thus, it functions as a 7-DMATS. In this study, we describe the biochemical characterization of 7-DMATS from Neosartorya sp., referred to as 7-DMATS(Neo), and the structural basis of the regioselective prenylation of L-tryptophan at the C7 position by comparison of the three-dimensional structural models of 7-DMATS(Neo) with FgaPT2 (4-DMATS) from Aspergillus fumigatus. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Fumihiro Ishikawa,* Hideaki Kakeya*
    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD 24 (3) 865 - 869 0960-894X 2014/02 [Refereed]
     
    We targeted the development of an affinity probe for adenylation (A) domains that can facilitate enrichment, identification, and quantification of A domain-containing modules in nonribosomal peptide synthetase (NRPS)-polyketide synthase (PKS) hybrids and NRPSs. A 5'-O-sulfamoyladenosine (AMS) non-hydrolyzable analogue of adenosine monophosphate (AMP) has been reported as a scaffold for the design of inhibitors exhibiting tight binding of adenylation enzymes. Here we describe the application of an affinity probe for A domains. Our synthetic probe, a biotinylated L-Phe-AMS (L-Phe-AMS-biotin) specifically targets the A domains in NRPS modules that activates L-Phe to an aminoacyladenylate intermediate in both recombinant NRPS enzyme systems and whole proteomes. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Chi Nguyen, Robert W. Haushalter, D. John Lee, Phineus R. L. Markwick, Joel Bruegger, Grace Caldara-Festin, Kara Finzel, David R. Jackson, Fumihiro Ishikawa, Bing O'Dowd, J. Andrew McCammon, Stanley J. Opella, Shiou-Chuan Tsai,* Michael D. Burkart*
    NATURE NATURE PUBLISHING GROUP 505 (7483) 427 - 431 0028-0836 2014/01 [Refereed]
     
    Acyl carrier protein (ACP) transports the growing fatty acid chain between enzymatic domains of fatty acid synthase (FAS) during biosynthesis(1). Because FAS enzymes operate on ACP-bound acyl groups, ACP must stabilize and transport the growing lipid chain(2). ACPs have a central role in transporting starting materials and intermediates throughout the fatty acid biosynthetic pathway(3-5). The transient nature of ACP-enzyme interactions impose major obstacles to obtaining high-resolution structural information about fatty acid biosynthesis, and a new strategy is required to study protein-protein interactions effectively. Here we describe the application of a mechanism-based probe that allows active site-selective covalent crosslinking of AcpP to FabA, the Escherichia coli ACP and fatty acid 3-hydroxyacyl-ACP dehydratase, respectively. We report the 1.9 angstrom crystal structure of the crosslinked AcpP-FabA complex as a homodimer in which AcpP exhibits two different conformations, representing probable snapshots of ACP in action: the 4'-phosphopantetheine group of AcpP first binds an arginine-rich groove of FabA, then an AcpP helical conformational change locks AcpP and FabA in place. Residues at the interface of AcpP and FabA are identified and validated by solution nuclear magnetic resonance techniques, including chemical shift perturbations and residual dipolar coupling measurements. These not only support our interpretation of the crystal structures but also provide an animated view of ACP in action during fatty acid dehydration. These techniques, in combination with molecular dynamics simulations, show for the first time that FabA extrudes the sequestered acyl chain from the ACP binding pocket before dehydration by repositioning helix III. Extensive sequence conservation among carrier proteins suggests that the mechanistic insights gleaned from our studies may be broadly applicable to fatty acid, polyketide and non-ribosomal biosynthesis. Here the foundation is laid for defining the dynamic action of carrier-protein activity in primary and secondary metabolism, providing insight into pathways that can have major roles in the treatment of cancer, obesity and infectious disease.
  • Fumihiro Ishikawa; Kouki Uno; Masao Nishikawa; Takeshi Tsumuraya; Ikuo Fujii
    Bioorganic and Medicinal Chemistry 21 (22) 7011 - 7017 0968-0896 2013/11 [Refereed]
     
    Catalytic antibody 27C1 bears binding sites for both a substrate- and a functionalized small nonprotein component in the active site. We investigated the possibility of exploiting imine and enamine intermediates using a primary amine molecule into the active site of antibody 27C1. The antibody catalyzed β-keto acid decarboxylation with a rate enhancement (kcat/K m/kuncat) of 140,000, as well as highly regioselective cross-aldol reactions of ketones and p-nitrobenzaldehyde. These studies provide new strategies for the generation of catalytic antibodies possessing binding sites for functionalized components. © 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Fumihiro Ishikawa, Robert W. Haushalter, D. John Lee, Kara Finzel, Michael D. Burkart*
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY AMER CHEMICAL SOC 135 (24) 8846 - 8849 0002-7863 2013/06 [Refereed]
     
    Acyl carrier proteins (ACPs) play a central role in acetate biosynthetic pathways, serving as tethers for substrates and growing intermediates. Activity and structural studies have highlighted the complexities of this role, and the protein-protein interactions of ACPs have recently come under scrutiny as a regulator of catalysis. As existing methods to interrogate these interactions have fallen short, we have sought to develop new tools to aid their study. Here we describe the design, synthesis, and application of pantetheinamides that can cross-link ACPs with catalytic beta-hydroxy-ACP dehydratase (DH) domains by means of a 3-alkynyl sulfone warhead. We demonstrate this process by application to the Escherichia coli fatty acid synthase and apply it to probe protein-protein interactions with noncognate carrier proteins. Finally, we use solution-phase protein NMR spectroscopy to demonstrate that sulfonyl 3-alkynyl pantetheinamide is fully sequestered by the ACP, indicating that the crypto-ACP closely mimics the natural DH substrate. This cross-linking technology offers immediate potential to lock these biosynthetic enzymes in their native binding states by providing access to mechanistically cross-linked enzyme complexes, presenting a solution to ongoing structural challenges.
  • Fumihiro Ishikawa, Robert W. Haushalter, Michael D. Burkart*
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY AMER CHEMICAL SOC 134 (2) 769 - 772 0002-7863 2012/01 [Refereed]
     
    We targeted the development of a dehydratase (DH)-specific reactive probe that can facilitate detection, enrichment, and identification of DH enzymes in fatty acid synthases (FASs) and polyketide synthases (PKSs). The first reported mechanism-based inactivator, 3-decynoyl-N-acetylcysteamine (3-decynoyl-NAC), while active against the Escherichia coli beta-hydroxydecanoyl thiol ester DH FabA, translates poorly to an activity-based probe because of nonspecific reactivity of the thioester moiety. Here we describe the design, synthesis, and utility of a DH-specific probe that contains a sulfonyl 3-alkyne reactive warhead engineered to avoid hydrolysis or nonenzymatic inactivation. When coupled with a fluorescent tag, this probe targets DH enzymes from recombinant type I and type II FAS and PKS enzyme systems and in whole proteomes. Activity studies, including FabA inactivation and antibiotic susceptibility, suggest that this sulfonyl 3-alkyne scaffold selectively targets a common DH mechanism. These studies indicate that the DH-specific mechanism-based probe can greatly accelerate both the functional characterization and molecular identification of virtually any type of FAS and PKS in complex proteomes.
  • Fumihiro Ishikawa, Takeshi Tsumuraya, Ikuo Fujii*
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY AMER CHEMICAL SOC 131 (2) 456 - 467 0002-7863 2009/01 [Refereed]
     
    A single antibody catalyzes multiple chemical transformations upon replacement of the funcctionalized small nonportein components.

Books etc

  • 非リボソームペプチドの多様性を構築するアデニル化酵素のエンジニアリング
    石川文洋 日本ペプチド学会 PEPTIDE NEWSLETTER JAPAN, No. 129, p1-4 2023/07
  • 大環状ペプチド人工生合成系を基盤とした生理活性中分子ライブラリーの構築
    石川 文洋 新学術領域研究 (研究領域提案型) 生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学「生合成リデザイン」 NEWS LETTER NO. 7, p4 2019/11
  • 化学標識法を用いた非リボソームペプチド合成酵素の活性検出と機能解析
    今野 翔; 石川 文洋; 掛谷 秀昭 日本ケミカルバイオロジー学会機関誌「ケミカルバイオロジー(Chemical Biology)」 12, 3-7 2019
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の理解, 制御, 活用を目指して
    石川 文洋 日本ペプチド学会 PEPTIDE NEWSLETTER JAPAN, No. 105, p8-11 2017/07
  • 生合成系プロテオミクス網羅的機能解析技術を活用した非天然型機能性分子の合理的設計
    石川 文洋 新学術領域研究 (研究領域提案型) 生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学「生合成リデザイン」 NEWS LETTER NO. 2, p2 2017/06
  • 合成小分子化合物群を用いたペプチド性天然化合物合成酵素の選択的ラベル化技術の開発と応用
    石川 文洋 生体機能関連化学部会 NEWS LETTER , Vol. 30, No. 3, 2-5 2015/12
  • 「創薬を牽引する有機化学」天然物創薬とケモインフォマティクス
    石川 文洋; 荒木 通啓; 掛谷 秀昭 日本薬学会, ファルマシア, 48巻, 7号 2012/07
  • コンビナトリアル生合成へ向かって:フレデリカマイシン生合成機構の解明
    石川 文洋 日本薬学会, ファルマシア, 47巻, 1号, p78-80 2011/01
  • 触媒抗体の新展開: ホロ酵素型触媒抗体の分子設計
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄 未来材料, 10, p18-23 2010/02
  • 気になった論文
    石川 文洋 日本化学会 フロンティア生命化学研究会, 生命化学研究レター, 28, p18-20 2008/10

Conference Activities & Talks

  • 原核生物のタンパク質品質管理機構に関与する ClpP を利用した細胞内の人為的分解制御  [Invited]
    石川文洋
    酵素 2023 第 49 回研究発表会  2023/11
  • 原核生物のタンパク質分解酵素 ClpP の誤作動を誘起するアシルデプシペプチドの構造活性相関研究
    石川文洋; 正林直人; 秋永修佑; 中村真也; 仲西功; 田邉元三
    第51回構造活性相関シンポジウム  2023/11
  • ワンポット S , O グリコシド結合形成反応を用いた calanthoside の全合成と構造活性相関研究
    高島 克輝; 浅井 茜; 芦立 未奈; 鈴木 璃子; 丸本 真輔; 石川 文洋; 萬瀬 貴昭; 森川 敏生; 田邉元三
    第 49 回反応と合成の進歩シンポジウム  2023/11
  • ワンポット S,O-グリコシド結合形成反応を鍵とした clanthoside 誘導体の合成およびその HFDPC 増殖促進作用評価
    鈴木璃子; 高島克輝; 丸本真輔; 石川文洋; 萬瀬貴昭; 森川敏生; 田邉元三
    第73回日本薬学会関西支部総会・大会  2023/10
  • サラシノール型チオ糖スルホニウム塩構造を基盤とするガラクトシダーゼ阻害剤の合成研究
    古部聖也; 高島克輝; 石川文洋; 田邉元三
    第73回日本薬学会関西支部総会・大会  2023/10
  • 原核生物の蛋白質分解系を撹乱するアシルデプシペプチドの構造活性相関研究: 代謝安定型高活性アシルデプシペプチド誘導体の創製
    石川文洋; ○今井嵩友; 正林直人; 秋永修佑; 大西利奈; 内田千晴; 田邉元三
    第73回日本薬学会関西支部総会・大会  2023/10
  • 原核生物において蛋白質分解を誘起するアシルデプシペプチドの構造活性相関研究
    楠原 早絢; 正林 直人; 高島 克輝; 石川 文洋; 田邉 元三
    第52回複素環化学討論会  2023/10
  • チオ糖スルホニウム塩型α-グルコシダーゼ阻害剤 neokotalanol の 効率的合成法の探索研究
    高島克輝; 谷口歩; 長澤遥斗; 丸本真輔; 石川文洋; 田邉元三
    第52回複素環化学討論会  2023/10
  • HFDP細胞増殖活性を有するインドールアルカロイドS,O-配糖体の合成と構造活性相関研究
    鈴木璃子; 高島克輝; 芦立未奈; 丸本真輔; 石川文洋; 萬瀬貴昭; 森川敏生; 田邉元三
    第52回複素環化学討論会  2023/10
  • Activity-based protein profiling を基盤とする非リボソームペプチドの分子多様性の創出
    石川文洋; 九十九菜摘; 森下絵理香; 浅水俊平; 楠原早絢; 丸本真輔; 高島克輝; 尾仲宏康; 田邉元三
    第17回バイオ関連化学シンポジウム  2023/09
  • 原核生物において蛋白質分解を誘起するアシルデプシペプチドの構造活性相関研究
    石川文洋; 正林直人; 秋永修佑; 高島克輝; 田邉元三
    第55回若手ペプチド夏の勉強会  2023/08
  • NRPS 生合成系における蛋白質間相互作用のエンジニアリング
    石川文洋; 木下佳奈; 中西由華; 宮永顕正; 工藤史貴; 江口正; 田邉元三
    第55回若手ペプチド夏の勉強会  2023/08
  • ペプチドによるプロテアーゼ ClpP の機能発現・制御機構の解明
    髙橋幹士; 石川文洋; 田邉元三; 内橋貴之
    2022年度 生物物理学会中部支部講演会  2023/03
  • ペプチド異性化酵素 MurL の構造機能解析を指向したリガンド分子の合成研究
    山岡 拓海; 石川 文洋; 小笠原 泰志; 大利 徹; 田邉 元三
    日本薬学会第 143 年会 (北海道)  2023/03
  • ヒト毛乳頭細胞増殖促進活性を有するインドールアルカロイド Calanthoside の全合成
    高島 克輝; 浅井 茜; 芦立 未奈; 鈴木 璃子; 石川 文洋; 丸本 真輔; 森川 敏生; 田邉 元三
    日本薬学会第 143 年会 (北海道)  2023/03
  • 非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリングからエンジニアリングまで  [Invited]
    石川文洋
    バイオインタラクション研究会 第20回ワークショップ  2023/03
  • 高速原子間力顕微鏡によるカゼイン分解プロテアーゼClpPの観察
    高橋幹士; 石川文洋; 田邉元三; 内橋貴之
    新学術領域研究「発動分子科学」第11回領域会議  2022/11
  • ワンポットS,O-グルコシド結合形成反応によるインドール S,O-ビスデスモシド, calanthoside の全合成
    高島克輝; 浅井茜; 芦立 未奈; 石川文洋; 丸本 真輔; 森川 敏生; 田邉 元三
    第39回メディシナルケミストリーシンポジウム  2022/11
  • ACA-28とその誘導体ACAGT-007aはがん細胞におけるERK MAPKシグナルのさらなる活性化を介してアポトーシスを誘導する
    佐藤亮介; カンダカール イフタカール; 石川文洋; 高崎輝恒; 田邉元三; 杉浦麗子
    第45回日本分子生物学会年会  2022/11
  • 非リボソームペプチド合成酵素の仕組みを多角的視点から解き明かす  [Invited]
    石川 文洋
    第13回ABC-InFO講演会・交流会  2022/10
  • 拡張型基質結合部位をもつアデニル化酵素の機能·構造解析および非天然型誘導体合成への応用
    野原麻耶; 宮野夏妃; 倉本怜季; 宮永顕正; 木下佳奈; ○石川文洋; 高島克輝; 工藤史貴; 江口正; 田邉元三
    第9回食品薬学シンポジウム  2022/10
  • スルホニウム塩構造を基盤とするガラクトシダーゼ阻害剤の合成研究
    古部聖也; 石川文洋; 高島克輝; 田邉元三
    第72回 日本薬学会関西支部総会・大会  2022/10
  • 新規 α-glucosidase 阻害剤の創製: 双頭型 salacinol 誘導体の合成
    小田優汰; 石川文洋; 高島克輝; 森川敏生; 田邉元三
    第72回 日本薬学会関西支部総会・大会  2022/10
  • 植物性インドールアルカロイドS,O-配糖体Calanthoside の全合成
    高島克輝; 浅井茜; 芦立未奈; 石川文洋; 森川敏生; 田邉元三
    第72回 日本薬学会関西支部総会・大会  2022/10
  • 新規ペプチドエピメラーゼ MurL の構造機能解析を指向した酵素反応中間体アナログの合成研究
    山岡拓海; 石川文洋; 小笠原泰志; 大利徹; 田邉元三
    第72回 日本薬学会関西支部総会・大会  2022/10
  • 拡張型基質結合部位をもつアデニル化酵素 EntE 変異体の構造機能解析を指向したリガンド化合物の合成および機能評価
    倉本怜季; 石川文洋; 高島克輝; 田邉元三
    第72回 日本薬学会関西支部総会・大会  2022/10
  • エビネ属植物由来インドールアルカロイドS,O-配糖体calanthoside の全合成
    高島克輝; 浅井茜; 芦立未奈; 石川文洋; 森川敏生; 田邉 元三
    第64回天然有機化合物討論会  2022/09
  • 人工アデニル化酵素を活用したペプチド結合形成酵素の機能およびキャリアータンパク質認識機構の解明  [Invited]
    石川 文洋
    2020年度「野田産研研究助成」研究成果報告会  2022/08
  • 細胞内での非リボソームペプチド合成酵素の選択的ラベル化および分解機構の発見
    石川文洋; 内田千晴; 大西利奈; 今野翔; 鈴木健裕; 高島克輝; 堂前直; 掛谷秀昭; 田邉元三
    日本ケミカルバイオロジー学会第16回年会  2022/05
  • 細胞内での非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリングおよび分解過程の発見
    石川文洋; 今野翔; 内田千晴; 鈴木健裕; 高島克輝; 堂前直; 掛谷秀昭; 田邉元三
    日本薬学会第142年会  2022/03
  • 非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリングと応用  [Invited]
    石川文洋
    第90回有機化学研究会（白鷺セミナー）, 大阪府立大学  2021/12
  • Activity-based protein profiling of non-ribosomal peptide synthetases  [Invited]
    Fumihiro Ishikawa
    Pacifichem 2021 Reactivity and Mechanism in Chemical and Synthetic Biology (#374): Mechanism in Activity-based Protein Profiling, Enzyme Engineering and the Development of Imaging.  2021/12
  • BROAD SUBSTRATE TOLERANCE OF AN ENGINEERED ARYL ACID ADENYLATION DOMAIN WITH AN ENLARGED SUBSTRATE BINDING SITE
    Fumihiro Ishikawa; Maya Nohara; Natsuki Miyano; Kana Kinoshita; Hinano Kitayama; Katsuki Takashima; Genzoh Tanabe
    第58回ペプチド討論会  2021/10
  • キサントン配糖体Mangiferinの全合成研究
    和田 翔; 高島 克輝; 丸本 真輔; 石川 文洋; 田邉 元三
    第71回日本薬学会関西支部  2021/10
  • アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤Neokotalanolの第二世代合成研究
    高島 克輝; 林 紗也子; 山田 沙也; 石川 文洋; 丸本 真輔; 田邉 元三
    第71回日本薬学会関西支部  2021/10
  • 拡張型基質結合部位をもつ人工アデニル化酵素の機能解析-二置換安息香酸誘導体への基質許容性の評価-
    石川 文洋; 野原 麻耶; 高島 克輝; 田邉 元三
    第71回日本薬学会関西支部  2021/10
  • 基質タンパク質ラべル化技術に基づく原核生物タンパク質分解装置 ClpP の動作原理の解明研究
    大西利奈; 石川文洋; 内田千晴; 正林直人; 高島克輝; 田邉元三
    第71回日本薬学会関西支部  2021/10
  • 人工アデニル化酵素を活用したエンテロバクチン誘導体の試験管内生合成研究
    宮野夏妃; 石川文洋; 木下佳奈; 北山陽菜乃; 高島克輝; 田邉元三
    第71回日本薬学会関西支部  2021/10
  • アーユルベーダ天然薬物neokotalanolの第二世代合成研究
    高島克輝; 林 紗也子; 山田 沙也; 石川文洋; 丸本真輔; 田邉元三
    第47回反応と合成の進歩シンポジウム  2021/10
  • 4,5-ジデヒドロアポルフィン型アルカロイドの合成およびメラニン形成阻害活性評価
    寺町美優; 高島克輝; 白戸美希; 丸本真輔; 石川文洋; 森川敏生; 田邉元三
    第47回反応と合成の進歩シンポジウム  2021/10
  • アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤neokotalanolの全合成
    高島克輝; 石川文洋; 丸本真輔; 田邉元三
    第49回複素環化学討論会  2021/10
  • アポルフィン型およびベンジルイソキノリン型アルカロイドのメラニン形成阻害活性評価
    寺町美優; 高島克輝; 白戸美希; 丸本真輔; 石川文洋; 森川敏生; 田邉元三
    第49回複素環化学討論会  2021/10
  • 細胞内での非リボソームペプチド合成酵素の選択的ケミカルラベリング
    石川文洋; 今野翔; 内田千晴; 鈴木健裕; 高島克輝; 堂前直; 掛谷秀昭; 田邉元三
    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021/09
  • キノコ由来子実体形成促進分子coprinoferrinの生合成解明
    浅井しほり; 中屋祥大; 高西潤; 恒松雄太; 石川文洋; 田邉元三; 礒谷智輝; 早川一郎; 坂倉彰; 渡辺賢二
    日本生薬学会第67回年会  2021/09
  • 蛋白質ラベル化に基づくペプチド系天然物生合成のケミカルバイオロジー研究  [Invited]
    石川 文洋
    第41回有機合成若手セミナー「明日の有機合成を担う人のために」  2021/08
  • 拡張型基質結合部位をもつアデニル化酵素の二置換安息香酸誘導体への基質許容性
    野原 麻耶, 石川 文洋, 高島 克輝, 田邉 元三
    日本薬学会第 141 年会（広島）  2021/03
  • 安息香酸誘導体選択的アデニル化酵素の基質特異性を制御するNRPSコードの生化学的解析
    石川 文洋, 野原 麻耶, 中村 真也, 高島 克輝, 仲西 功, 田邉 元三
    日本薬学会第 141 年会（広島）  2021/03
  • タイ天然物 “Melodorum” 由来ブテノリド類の網羅的合成およびメラニン産生抑制作用の検討
    田邉 元三, 塩谷 友梨, 高島 克輝, 森川 敏生, 二宮 清文, 石川 文洋
    日本薬学会第141年会 (広島)  2021/03
  • スルフィドのジアステレオ選択的分子内環化反応を利用したアーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤 neokotalanolの全合成
    高島 克輝, 小林 祐喜, 石川 文洋, 丸本 真輔, 田邉 元三
    日本薬学会第141年会 (広島)  2021/03
  • ERK経路の活性化によりヒトメラノーマのアポトーシスを強力かつ選択的に誘導する新規ベンズヒドロール誘導体の発見
    佐藤亮介; 濱田直弥; 石川文洋; 高崎輝恒; 田邉元三; 杉浦麗子
    第43回日本分子生物学会年会  2020/12
  • 矛を磨いた10年 於 大阪府大→UCSD→京都大→近畿大  [Invited]
    石川 文洋
    第6回関西薬学シンポジウム: 化学系の若い力  2020/10
  • 人工アデニル化酵素の設計、機能、構造解析  [Not invited]
    石川 文洋; 野原 摩耶; 高島 克輝; 田邉 元三
    第70回日本薬学会関西支部大会  2020/10
  • アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤 neokotalanolの簡便かつ効率的な合成  [Not invited]
    高島克輝; 石川文洋; 丸本 真輔; 田邉元三
    第70回日本薬学会関西支部大会  2020/10
  • スルフィドのジアステレオ選択的分子内環化反応を利用したアーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来α-グルコシダーゼ阻害剤neokotalanolの全合成
    高島 克輝, 小林 祐喜, 石川 文洋, 丸本 真輔, 田邉 元三
    第62回天然有機化合物討論, オンライン  2020/09
  • An engineered aryl acid adenylating enzyme with an enlarged substrate binding pocket  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa
    2nd German-Japanese Symposiumu on Natural Product Biosynthesis  2020/04
  • タイ天然薬物 "Melodorum" 由来ブテノリド類の合成およびそのメラニン産生抑制活性評価  [Not invited]
    塩谷友梨; 石川文洋; 森川敏生; 二宮清文; 田邉 元三
    日本薬学会第140年会, 京都  2020/03
  • 拡張型基質結合部位を有するアデニル化酵素の基質許容性  [Not invited]
    野原摩耶; 石川文洋; 田邉元三
    日本薬学会第140年会, 京都  2020/03
  • A reprogrammed aryl acid adenylation domain with an enlarged substrate binding pocket  [Invited]
    Fumihiro Ishikawa
    日本薬学会第140年会 天然物研究の新展開-次世代型分子骨格リデザイン- (国際シンポジウム), 京都  2020/03
  • 大環状ペプチド人工生合成系を基盤とした生理活性中分子ライブラリーの構築  [Invited]
    石川 文洋
    新学術領域研究 (研究領域提案型) 生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学, 第7回公開シンポジウム, 東京  2019/12
  • アデニル化酵素のエンジニアリングによる拡張型基質結合部位の設計, 機能, 構造解析  [Not invited]
    石川文洋; 宮永顕正; 北山陽菜乃; 工藤史貴; 江口正; 田邉元三
    第69回日本薬学会関西支部大会  2019/10
  • 拡張型基質結合部位をもつアデニル化酵素の機能解析  [Not invited]
    野原麻耶; 石川文洋; 田邉元三
    第69回日本薬学会関西支部大会  2019/10
  • タイ天然薬物 Melodorum fruticosum 由来, メラニン産生抑制活性ブテノリド類の合成およびその活性評価  [Not invited]
    塩谷友梨; 石川文洋; 田邉元三
    第69回日本薬学会関西支部大会  2019/10
  • アーユルヴェーダ植物“サラシア”由来, α-グルコシダーゼ阻害剤, ネオコタラノールの合成  [Not invited]
    林 紗也子; 石川文洋; 田邉元三
    第69回日本薬学会関西支部大会  2019/10
  • Facile synthesis of neokotalanol, a potent α-glycosidase inhibitor isolated from  [Not invited]
    Genzoh Tanabe; Satoshi Ueda; Kazuho Kurimoto; Naoki Sonoda; Shinsuke Marumoto; Fumihiro Ishikawa; Osamu Muraoka
    27th International Society of Heterocyclic Chemistry Congress, Kyoto, Japan  2019/09
  • アデニル化酵素のエンジニアリングによる基質許容性の拡張および構造的基盤  [Not invited]
    石川 文洋; 宮永 顕正; 北山 陽菜乃; 工藤 史貴; 江口 正; 田邉 元三
    第13回バイオ関連化学シンポジウム  2019/09
  • アデニル化酵素の基質結合部位の拡張および構造的基盤  [Not invited]
    石川 文洋; 宮永 顕正; 北山 陽菜乃; 工藤 史貴; 江口 正; 田邉 元三
    第61回天然有機化合物討論会  2019/09
  • Visualizing, analyzing, and reprogramming nonribosomal peptide synthetases  [Invited]
    Fumihiro Ishikawa
    University of California, San Diego (Host: Prof. Michael D. Burkart), CA, USA  2019/08
  • Reprogramming aryl acid adenylation domains for non-native building blocks  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Akimasa Miyanaga; Hinano Kitayama; Fumitaka Kudo; Tadashi Eguchi; Genzoh Tanabe
    ACS Fall 2019 National Meeting & Exposition, San Diego, CA, USA  2019/08
  • Chemical genetic screen in fission yeast identified ACA-28 and its potent derivative compound, which preferentially kill several cancer cells
    Hamada N, Satoh R, Tanabe G, Ishikawa F, Takasaki T, Sugiura R
    10th International Fission Yeast Meeting (pombe 2019)  2019/07
  • アデニル化酵素の基質特異性の拡張および構造的基盤  [Not invited]
    石川 文洋; 宮永 顕正; 北山 陽菜乃; 工藤 史貴; 江口 正; 田邉 元三
    日本ケミカルバイオロジー学会第14回年会  2019/06
  • ERKシグナル調節薬ACA-28とその高活性アナログのがん細胞に対するアポトーシス誘導活性
    濵田直弥; 佐藤亮介; 高崎輝恒; 田邉元三; 石川文洋; 杉浦麗子
    未来創薬医療イノベーションシンポジウム “Beyond the Genome” ?New Horizons for Health and Diseases?  2019/03
  • Reprogramming aryl acid adenylating enzymes for non-native building blocks  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Hinano Kitayama; Genzoh Tanabe
    10th International Peptide Symposium, Kyoto, Japan  2018/12
  • 生合成系プロテオミクス網羅的機能解析技術を活用した非天然型機能性分子の合理的設計  [Invited]
    石川 文洋
    新学術領域研究 生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学 第5回公開シンポジウム  2018/12
  • 非リボソームペプチド生合成系を理解, 制御, 活用する基盤技術  [Invited]
    石川 文洋
    第21回スクリプス・バイオメディカルフォーラム  2018/12
  • ERK 依存的細胞死誘導剤ACA-28 のトリプルネガティブ乳癌に対する効果  [Not invited]
    濵田 直弥; 川崎 有記; 佐藤 亮介; 高崎 輝恒; 田邉元三; 石川文洋; 杉浦 麗子
    第68回日本薬学会近畿支部総会大会  2018/10
  • ジケトピペラジン生成反応を利用した NRPS プロテオミクス機能解析法の妥当性評価  [Not invited]
    九十九 菜摘; 石川 文洋; 田邉 元三
    第68回日本薬学会近畿支部総会大会  2018/10
  • アデニル化酵素 EntE 変異体の精密機能解析を指向した特異的リガンドの設計, 合成および機能評価  [Not invited]
    北山 陽菜乃; 石川 文洋; 田邉 元三
    第68回日本薬学会近畿支部総会大会  2018/10
  • タイ天然薬物Mammea siamensis花部クマリン成分のCYP19 阻害活性  [Not invited]
    二宮 清文; 羅 鳳琳; 柴谷 華苗; Chaipech Sawanee; pongpiriyadacha Yutana; 村岡 修; 石川 文洋; 田邉 元三; 森川 敏生
    第22回天然薬物の開発と応用シンポジウム  2018/10
  • ERK依存的細胞死誘導剤ACA-28の高活性アナログによるがん細胞増殖抑制  [Not invited]
    濵田 直弥; 川崎 有記; 佐藤 亮介; 高崎 輝恒; 田邉 元三; 石川 文洋; 杉浦 麗子
    第91回日本生化学会大会  2018/09
  • 非リボソームペプチド生合成におけるプロテオミクス機能解析法の妥当性評価  [Not invited]
    九十九 菜摘; 石川 文洋; 田邉 元三
    第12回 バイオ関連化学シンポジウム  2018/09
  • アデニル化酵素 EntE 変異体の精密機能解析を指向した分子リガンドの合成および機能解析  [Not invited]
    北山 陽菜乃; 石川 文洋; 田邉 元三
    第12回 バイオ関連化学シンポジウム  2018/09
  • Melodorum fruticosum から単離したButenolide 類の全合成とメラニン産生抑制活性  [Not invited]
    田邉 元三; 萬瀬 貴昭; 福田 友紀; 福田 梨沙; 丸本 真輔; 石川 文洋; 二宮 清文; チャイペック・サワニ; ポンピリヤダチャ・ユタナ; 村岡 修; 森川
    第60回 天然有機化合物討論会  2018/09
  • Highly Diastereoselective Synthesis of Salacinol-type α-Glucosidase Inhibitors and Evaluation of Their in vivo α-Glucosidase Inhibitory Activity  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Kazumi Jinno; Naoki Sonoda; Eri Kinouchi; Junji Akaki; Kiyofumi Ninomiya; Shinsuke Marumoto; Osamu Muraoka; Toshio Morikawa; Genzoh Tanabe
    28th International Symposium on the Organic Chemistry of Sulfur（ISOCS-28）  2018/08
  • 4,5-ジデヒドロアポルフィン型アルカロイドの合成およびメラニン形成抑制活性評価  [Not invited]
    白戸 美希; 萬瀬 貴昭; 二宮 清文; 丸本 真輔; 石川 文洋; 村岡 修; 森川 敏生; 田邉 元三
    日本薬学会第138年会  2018/03
  • ポリケチド生合成におけるアシル基転移酵素とアシルキャリアタンパク質のクロスリンク反応の検討  [Not invited]
    大内 理紗子; 石川 文洋; 後藤 絵菜; 木村 真希; 宮永 顕正; 田邉 元三; 工藤 史貴; 江口 正
    日本化学会第98春季年会  2018/03
  • チオ糖とエポキシドとのS-アルキル化を鍵反応に用いる“サラシア”由来，サラシノール型α-グルコシダーゼ阻害剤の高ジアステレオ選択的合成  [Not invited]
    石川 文洋; 神農 佳澄; 薗田 直樹; 村岡 修; 田邉 元三
    第43回 反応と合成の進歩シンポジウム  2017/11
  • 天然薬物"サラシア"由来サラシノール類縁体のジアステレオ選択的合成  [Not invited]
    石川 文洋; 神農 佳澄; 薗田 直樹; 木内 恵里; 赤木 淳二; 二宮 清文; 村岡 修; 吉川 雅之; 森川 敏生; 田邉 元三
    第35回メディシナルケミストリーシンポジウム  2017/10
  • "キャビコール誘導体ACA-28"は、がん細胞特異的にERK依存的細胞死を誘導する革新的抗がん剤シーズである  [Not invited]
    杉浦麗子; 佐藤亮介; 松浦一貴; 萩原加奈子; 神田勇輝; 石川文洋; 田邉元三; 村岡修; 高崎輝恒
    第35回メディシナルケミストリーシンポジウム  2017/10
  • タイ天然薬物 Melodorum fruticosum 含有 butenolide類のメラニン産生抑制活性  [Not invited]
    萬瀬 貴昭; 田邉 元三; 二宮 清文; 今川 貴仁; 安藤 恵理; 福田 梨沙; 福田 友紀; 石川 文洋; 村岡 修; 森川 敏生
    日本生薬学会第64回年会  2017/09
  • アーユルベーダ天然薬物 ”サラシア” 由来スルホニウム塩類のジアステレオ選択的合成及びin vivo α-グルコシダーゼ阻害活性評価  [Not invited]
    石川 文洋; 神農 佳澄; 薗田 直樹; 木内 恵里; 赤木 淳二; 二宮 清文; 村岡 修; 吉川 雅之; 森川 敏生; 田邉 元三
    第59回天然有機化合物討論会  2017/09
  • アデニレーションドメインの活性部位制御と機能開拓  [Not invited]
    石川 文洋; 田邉 元三
    第11回バイオ関連化学シンポジウム  2017/09
  • アデニレーションドメインの活性部位制御と機能開拓  [Not invited]
    石川 文洋
    新学術領域「生合成リデザイン」第1回若手シンポジウム  2017/08
  • 生合成系プロテオミクス網羅的機能解析技術を活用した非天然型機能性分子の合理的設計  [Not invited]
    石川 文洋
    新学術領域「生合成リデザイン」第2回公開​シンポジウム  2017/08
  • ケミカルスペース拡充を指向した生合成工学的研究  [Not invited]
    金子賢介; 竹中 慧; 長尾野映花; 石川文洋; 波多野和樹; 五十嵐雅之; 掛谷秀昭
    京都大学大学院薬学研究科 医薬創成情報科学専攻 10周年記念シンポジウム  2017/07
  • ホロ酵素型抗体酵素: 人工コファクターの入れ替えによる複数の化学反応の制御  [Not invited]
    大迫 洸樹; 石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第６回バイオ・メディカル・フォーラム  2017/02
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の網羅的機能解析技術の開発  [Not invited]
    石川 文洋; 笠井 昭太; 今野 翔; 掛谷 秀昭
    第10回バイオ関連化学シンポジウム  2016/09
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の選択的ラベル化技術の開発と迅速機能解析システムの構築  [Not invited]
    石川 文洋; 今野 翔; 笠井 昭太; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    第58回天然有機化合物討論  2016/09
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素選択的ラベル化技術の開発と応用  [Invited]
    石川 文洋
    日本ペプチド学会 第48回若手ペプチド夏の勉強会  2016/07
  • Accurate detection and manipulation of adenylation domain functions in nonribosomal peptide synthetases by an enzyme-linked immunosorbent assay system using active site-directed probes for adenylation domains  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Kengo Miyamoto; Sho Konno; Shota Kasai; Hideaki Kakeya
    International Chemical Congress of Pacific Basin Societies  2015/12
  • Profiling of nonribosomal peptide synthetase activities using active site-directed proteomic probes for adenylation domains  [Not invited]
    Sho Konno; Fumihiro Ishikwa; Takehiro Suzuki; Naoshi Dohmae; Hideaki Kakeya
    International Chemical Congress of Pacific Basin Societies  2015/12
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素選択的ラベル化技術の開発と応用  [Invited]
    石川 文洋
    生理化学研究ユニット第5回公開シンポジウム  2015/12
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の翻訳後修飾を標的とした化学プローブの開発  [Not invited]
    笠井 昭太; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    第65回日本薬学会近畿支部総会・大会  2015/10
  • 活性部位指向型プローブを利用したアデニレーションドメインの機能的プロファイリング  [Not invited]
    今野 翔; 笠井 昭太; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    第9回バイオ関連化学シンポジウム  2015/09
  • 合成小分子化合物群によるアデニレーションドメインの選択的標識化およびプロファイリングへの展開  [Not invited]
    石川 文洋; 今野 翔; 笠井 昭太; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    第9回バイオ関連化学シンポジウム  2015/09
  • アデニレーションドメインに対する活性活性部位指向型プローブを利用した非リボソーム性ペプチド合成酵素活性のプロファイリング
    今野翔; 石川文洋; 鈴木健裕; 堂前直; 掛谷秀昭
    日本ケミカルバイオロジー学会第10回年会  2015/06
  • アデニレーションドメインに対する活性部位指向型プローブを用いた非リボソーム性ペプチド合成酵素活性のプロファイリング  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    第15回日本蛋白質科学会年会  2015/06
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素の担体タンパク質を標的とした低分子プローブの開発  [Not invited]
    笠井 昭太; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    日本ケミカルバイオロジー学会第10回年会  2015/06
  • アデニレーションドメインに対する活性部位指向型プローブを利用した非リボソーム性ペプチド合成酵素活性のプロファイリング  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    新学術領域研究「天然物ケミカルバイオロジー: 分子標的と活性制御」 第7回若手研究者ワーク  2015/06
  • 非リボソーム性ペプチド合成酵素のペプチジル担体タンパク質を標的としたプローブの開発研究  [Not invited]
    笠井 昭太; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    日本薬学会 第135年会  2015/03
  • アデニレーションドメインに対する活性部位指向型プローブの開発  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 鈴木 健裕; 堂前 直; 掛谷 秀昭
    日本薬学会 第135年会  2015/03
  • 活性部位指向型プローブはアデニレーションドメインを高選択的に標識する  [Not invited]
    石川 文洋; 今野 翔; 掛谷 秀昭
    第17回生命化学研究会  2015/01
  • Chemical Biology for modulators targeting cancer microenvironment and cell membrane signaling  [Not invited]
    Hideaki Kakeya; Aya Yoshimura; Ryosuke Sugiyama; Shinji Kishimoto; Shinichi Nishimura; Akira Hattori; Fumihiro Ishikawa; Yusuke Yomoda; Shan Lu; Naohiro Katagiri; Sayaka Shimada; Eri Seto; Hideaki Hayashi; Nobuaki Takahashi; Hiroshi Harada
    Natural Products 2015  2015/01
  • アデニレーションドメインに対するテーラーメイドケミカルラベリング法の開発  [Not invited]
    石川 文洋; 今野 翔; 掛谷 秀昭
    第20回天然薬物の開発と応用シンポジウム  2014/11
  • 進化分子工学を指向したアデニレーションドメインに対するELISA法の開発  [Not invited]
    石川 文洋; 宮本 健吾; 今野 翔; 笠井 昭太; 掛谷 秀昭
    第8回バイオ関連化学シンポジウム  2014/09
  • 活性部位指向型プローブを用いたアデニレーションドメインの選択的標識化  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    第8回バイオ関連化学シンポジウム  2014/09
  • 天然物生合成酵素の同定·機能解析を指向した合成分子ツールの開発研究:アデニレーションドメインに対する活性部位指向型プローブの開発  [Invited]
    石川 文洋
    新学術領域「生合成マシナリー」第6回若手シンポジウム  2014/08
  • 天然物生合成酵素の同定·機能解析を指向した合成分子ツールの開発研究: アデニレーションドメインに対するテーラーメイドケミカルラベリング  [Not invited]
    石川 文洋
    第49回天然物化学談話会  2014/07
  • Chemical labeling of adenylation domains in nonribosomal peptide synthetases
    Sho Konno; Fumihiro Ishikawa; Hideaki Kakeya
    Gordon Research Conference on Bioorganic Chemistry, Andover, NH, USA  2014/06
  • Highly sensitive detection of nonribosomal peptide synthetases using cocktails of active-site probes for adenylation domains  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Sho Konno; Hideaki Kakeya
    Gordon Research Conference on Bioorganic Chemistry  2014/06
  • Chemical labeling of adenylation domains in nonribosomal peptide synthetases  [Invited]
    石川 文洋
    University of California, Irvine, USA, Host: Prof. Sheryl Tsai  2014/06
  • 有用天然物合成酵素の同定・機能解析を指向した低分子ツールの開発研究  [Invited]
    石川 文洋
    生理化学研究ユニット第4回公開シンポジウム  2014/06
  • 光親和性プローブを利用したアデニレーションドメインに対するリガンド依存的標識化  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    日本薬学会134年会  2014/03
  • 糸状菌Neosartorya属由来プレニル基転移酵素に関する研究  [Not invited]
    宮本 健吾; 石川 文洋; 林 豊; 掛谷 秀昭
    日本薬学会 生薬天然物部会 第5回食品薬学シンポジウム  2013/11
  • アデニレーションドメインに対する高親和性プローブ開発を基盤とした二次代謝産物合成酵素およびその遺伝子クラスターの同定法の確  [Invited]
    石川 文洋
    日本薬学会 生薬天然物部会 第5回食品薬学シンポジウム  2013/11
  • アデニレーションドメインを標的とした光親和性プローブの開発  [Not invited]
    今野 翔; 石川 文洋; 掛谷 秀昭
    第7回バイオ関連化学シンポジウム  2013/09
  • Andrimidの生合成酵素の機能解析  [Not invited]
    杉本 泰康; 石川 文洋; 宮本 健吾; 栗田 雅史; 今野 翔; 掛谷 秀昭
    第7回バイオ関連化学シンポジウム  2013/09
  • 糸状菌Neosartorya sp. 由来プレニル基転移酵素の機能解析  [Not invited]
    宮本 健吾; 石川 文洋; 林 豊; 掛谷 秀昭
    日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会  2013/06
  • Adenylationドメインを標的とした高親和性プローブの開発  [Not invited]
    石川 文洋; 掛谷 秀昭
    日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会  2013/06
  • LC-MS/MSを用いた低分子プローブに対する標的タンパク質の同定  [Invited]
    石川 文洋
    第13回日本蛋白質科学会年会  2013/06
  • 有用生合成酵素の同定·機能解析を指向した化学ツールの開発－adenylation ドメインを標的とした高親和性プローブの開発－  [Not invited]
    石川 文洋; 掛谷 秀昭
    日本薬学会 第133年会  2013/03
  • 分子機能変換を指向した糸状菌Neosartorya sp. 由来プレニル基転移酵素の機能解析  [Not invited]
    宮本 健吾; 石川 文洋; 林 豊; 掛谷 秀昭
    日本薬学会 第133年会  2013/03
  • ホロ酵素型抗体酵素による脱炭酸反応  [Not invited]
    西川 昌央; 石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第6回バイオ関連化学シンポジウム  2012/09
  • Holoabzyme: a single antibody catalyzes multiple chemical transformations upon replacement of artificial cofactors  [Not invited]
    Ikuo Fujii; Fumihiro Ishikawa; Takeshi Tsumuraya
    The second Asian Chemical Biology Conference ACBC2012  2012/07
  • 有用生合成酵素の同定・機能解析を指向したケミカルプローブの開発  [Invited]
    石川 文洋
    第5回生体分子科学シンポジウム (第3回ケミカルバイオロジー研究所シンポジウム)  2012/03
  • ホロ酵素型抗体酵素は様々な反応を触媒する  [Not invited]
    円谷 健; 石川 文洋; 藤井 郁雄
    第14回生命化学研究会  2011/12
  • Mechanism-based fluorescent inhibitors for dehydratase domain in fatty acid and Polyketide synthases  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Robert W. Haushalter; Michael D. Burkart
    52nd Annual Meeting American Society of Pharmacognosy  2011/07
  • ホロ抗体酵素: 人工補酵素導入型触媒抗体の分子設計  [Not invited]
    廣瀬 仁孝; 石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第30回有機合成若手セミナー  2010/11
  • ホロ酵素型触媒抗体の分子設計  [Not invited]
    廣瀬 仁孝; 石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第27回有機合成化学セミナー  2010/09
  • ホロ酵素型触媒抗体 (Holoabzyme):化学的部位特異的変異法を用いた機能改変  [Not invited]
    石川 文洋; 白橋 雅人; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第24回生体関連化学シンポジウム  2009/09
  • Holoabzyme:ホロ酵素型触媒抗体の分子設計  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    2009年度酵素·補酵素研究会  2009/07
  • A single antibody catalyzes multiple chemical transformations upon replacement of the functionalized small nonprotein components  [Not invited]
    Ikuo Fujii; Fumihiro Ishikawa; Takeshi Tsumuraya
    Gordon Research Conference on Bioorganic Chemistry  2009/06
  • ホロ酵素型触媒抗体の分子設計  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第9回日本蛋白質科学会年会  2009/05
  • ホロ抗体酵素: 人工補酵素導入による化学反応性の制御  [Not invited]
    円谷 健; 石川 文洋; 藤井 郁
    第11回 生命化学研究会  2008/11
  • ホロ抗体酵素: 人工補酵素導入型抗体の触媒機構  [Not invited]
    石川 文洋; 白橋 雅人; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第3回バイオ関連化学合同シンポジウム  2008/09
  • Holoabzyme  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Takeshi Tsumuraya; Ikuo Fujii
    Gordon Research Conference on Bioorganic Chemistry  2008/06
  • ホロ抗体酵素  [Not invited]
    円谷 健; 石川 文洋; 藤井 郁雄
    日本化学会 第88春季大会  2008/03
  • 酵母表層ディスプレイ法を用いたルシフェラーゼ抗体酵素の解析  [Not invited]
    児島 孝明; 植田 淳子; 石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    日本農芸化学会 2008年度大会  2008/03
  • ホロ抗体酵素  [Not invited]
    円谷 健; 石川 文洋; 藤井 郁
    第10回生命化学シンポジウム  2008/01
  • ホロ抗体酵素 (Holoabzyme)  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    酵素工学研究会第58回講演会  2007/10
  • コンポジット型触媒抗体  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第22回 生体関連化学シンポジウム  2007/09
  • コファクター分子を抗原結合部位にもつコンポジット型触媒抗体  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第2回 産業用酵素シンポジウム  2007/03
  • Antibody catalysis for cofactor-mediated chemical transformations  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Takeshi Tsumuraya; Ikuo Fujii
    Japan-Italy Symposium of New Trends in Enzyme Science and Technology  2006/11
  • コファクター分子を抗原結合部位にもつコンポジット型触媒抗体  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    第21回 生体関連化学部会  2006/09
  • Antibody catalysis for co-factor mediated chemical transformations  [Not invited]
    Fumihiro Ishikawa; Takeshi Tsumuraya; Ikuo Fujii
    International Chemical Congress of Pacific Basin Societies  2005/12
  • 一般酸・塩基触媒や求核触媒機能を抗原結合部位に導入するための方法論の開発と高活性抗体の取得  [Not invited]
    石川 文洋; 円谷 健; 藤井 郁雄
    SORST ジョイントシンポジウム (4)  2005/11
  • 逆アルドール反応を触媒する10D12bH8Fab抗体の作製  [Not invited]
    石川 文洋; 上田 純子; 藤井 郁雄; 春名 光昌
    日本薬学会 第124年会  2004/03

MISC

Awards & Honors

  • 2023/07 Back cover, Chem. Comm.
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa*;Natsumi Tsukumo;Erika Morishita;Shumpei Asamizu;Saaya Kusuhara;Shinsuke Marumoto;Katsuki Takashima;Hiroyasu Onaka;Genzoh Tanabe*
  • 2023/04 公益財団法人 発酵科学研究所 2023年度 一般研究助成
     
    受賞者: 石川文洋
  • 2022/05 公益財団法人 日本応用酵素協会 2022年度 酵素研究助成
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2021/10 Organic & Biomolecular Chemistry Outside front cover
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa*;Sho Konno;Katsuki Takashima;Hideaki Kakeya;Genzoh Tanabe*
  • 2021/02 2021 RSC Advances HOT Article Collection
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa, Aiko Hirano, Yuuto Yoshimori, Kana Nishida, Shinya Nakamura, Katsuki Takashima, Shinsuke Marumoto, Kiyofumi Ninomiya, Isao Nakanishi, Weijia Xie, Toshio Morikawa, Osamu Muraoka, Genzoh Tanabe
  • 2021/02 Chemical Pharmaceutical Bulletin Featured Article
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa,* Hinano Kitayama, Shinya Nakamura, Katsuki Takashima, Isao Nakanishi, Genzoh Tanabe*
  • 2021/01 公益財団法人 薬学研究奨励財団 第41回 研究助成
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2020/04 公益財団法人 野田産業科学研究所 2020年度「野田産研研究助成」
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2020/02 ACS Biochemistry Supplementary Cover
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa,* Maya Nohara, Shinya, Nakamura, Isao Nakanishi, Genzoh Tanabe*
  • 2019 ChemBioChem (Wiley-VCH) Cover Feature
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa*;Genzo Tanabe*
  • 2018 公益財団法人 武田科学振興財団 薬学系研究奨励
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2017 ChemBioChem (Wiley-VCH) Front Cover
     
    受賞者: Fumihiro Ishikawa*;Shota Kasai;Hideaki Kakeya;Genzoh Tanabe*
  • 2015 Chem. Commum. (RSC) Back Cover
     
    受賞者: Shota Kasai;Sho Konno;Fumihiro Ishikawa*;Hideaki Kakeya*
  • 2015 生体機能関連化学部会 バイオ関連化学シンポジウム講演賞 (生体機能関連化学部会講演賞)
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2013 日本薬学会 生薬天然物部会 日本薬学会生薬天然物部会奨励研究賞
     
    受賞者: 石川 文洋
  • 2008 大阪府立大学 利休サイエンスレクチャーシップ地域講演賞
     
    受賞者: 石川 文洋

Research Grants & Projects

  • 原核生物のタンパク質品質管理機構に関与する ClpP を利用した細胞内タンパク質の人為的分解制御
    公益財団法人 日本応用酵素協会 2024年度 酵素研究助成 研究助成金：
    Date (from‐to) : 2024/05 -2025/09 
    Author : 石川 文洋
  • 薬剤耐性機構を無効化する β-ラクタマーゼ分解誘導薬の開発研究
    Date (from‐to) : 2024/04 -2025/03 
    Author : 石川文洋
  • 蛋白質間相互作用の合理的リデザインによるNRPS生合成系の分解および再構築
    公益財団法人 発酵科学研究所：2023年度 一般研究助成
    Date (from‐to) : 2023/04 -2025/03 
    Author : 石川文洋
  • 抗生物質開発を変革する新しい創薬モダリティ: 原核生物の タンパク質分解を制御する化合物の開発
    近畿大学 一般研究助成金 IP004：
    Date (from‐to) : 2023/04 -2024/03 
    Author : 石川文洋
  • 細胞内基質蛋白質ラベル化技術に基づく原核生物蛋白質分解装置 ClpP の動作原理の解明
    公益財団法人 薬学研究奨励財団：第41回 研究助成
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 石川 文洋
  • 原核生物のタンパク質品質管理機構に関与する ClpP を利用した細胞内タンパク質の人為的分解制御
    公益財団法人 日本応用酵素協会：2022年度 酵素研究助成 研究助成金
    Date (from‐to) : 2022/05 -2023/09 
    Author : 石川 文洋
  • セントラルドグマを越え、天然ペプチド骨格までを再構築する 次世代型合成生物学の確立
    近畿大学 SR 09 奨励研究助成
    Date (from‐to) : 2021/04 -2022/03 
    Author : 石川 文洋
  • NRPS異性化酵素機能を解明する共有結合型分子ツールの開発
    日本学術振興会：基盤研究 (C) (一般)
    Date (from‐to) : 2019/04 -2022/03 
    Author : 石川 文洋
  • 人工アデニル化酵素を活用したペプチド結合形成酵素の機能およびキャリアータンパク質認識機構の解明
    公益財団法人 野田産業科学研究所：2020年度「野田産研・奨励研究助成」
    Date (from‐to) : 2020/04 -2021/03 
    Author : 石川 文洋
  • 大環状ペプチド人工生合成系を基盤とした生理活性中分子ライブラリーの構築
    文部科学省：新学術領域研究 (研究領域提案型) 「生合成リデザイン」
    Date (from‐to) : 2019/04 -2021/03 
    Author : 石川 文洋
  • 生合成系プロテオミクス解析技術を活用した人工天然物の汎用創製手法の確立
    公益財団法人 武田科学振興財団：薬学系研究奨励
    Date (from‐to) : 2018/04 -2021/03 
    Author : 石川 文洋
  • 生合成系プロテオミクス解析技術を活用した物質生産の高度化
    近畿大学：SR 03 奨励研究助成
    Date (from‐to) : 2018/04 -2019/03 
    Author : 石川 文洋
  • 生合成系プロテオミクス網羅的機能解析技術を活用した非天然型機能性分子の合理的設計
    文部科学省：新学術領域研究 (研究領域提案型) 「生合成リデザイン」
    Date (from‐to) : 2017/04 -2019/03 
    Author : 石川 文洋
  • ケミカルプロテオミクスに立脚した未利用遺伝子資源の網羅的探索技術
    京都大学：平成28年度ﾘｻｰﾁ･ﾃﾞｨﾍﾞﾛｯﾌﾟﾒﾝﾄﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ 【いしずえ】
    Date (from‐to) : 2016/04 -2017/03 
    Author : 石川 文洋
  • 合成分子プローブを基盤としたテーラーメイドアデニレーションドメインの創出
    日本学術振興会：若手研究(B)
    Date (from‐to) : 2014/04 -2016/03 
    Author : 石川 文洋
  • II型生合成酵素の触媒ドメイン間相互作用解析を指向したケミカルツールの創製と応用
    日本学術振興会：研究活動スタート支援
    Date (from‐to) : 2012/04 -2014/03 
    Author : 石川 文洋

Teaching Experience

  • Cell and Molecular ScienceCell and Molecular Science Doshisha University

Social Contribution

  • 近畿大学附属和歌山高等学校出張講義
    Date (from-to) : 2024
    Role : Lecturer
  • 近畿大学附属豊岡高校出張講義
    Date (from-to) : 2023
    Role : Lecturer
  • 上宮高等学校出張講義
    Date (from-to) : 2023
    Role : Lecturer
  • 2023年オープンキャンパス模擬講義
    Date (from-to) : 2023
    Role : Lecturer
  • 2022年オープンキャンパス模擬講義
    Date (from-to) : 2022
    Role : Lecturer
  • 2021年オープンキャンパス模擬講義
    Date (from-to) : 2021
    Role : Lecturer

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